إلى القاهرة وبعد عيد الفطر المبارك توجه الحبيب على الجفري في بداية رحلته الثانية إلى مصر، والتي حفلت بزيارات و لقاءات من أبرزها لقاء فضيلة الإمام الأكبر شيخ الجامع الأزهر الأستاذ الدكتور محمد سيد طنطاوي في مشيخة الأزهر حوالي الساعة الحادية عشر صباح الأربعاء 10 شوال 1430هـ الموافق 30 سبتمبر/أيلول 2009 بمعية سعادة الدكتور عبد الولي الشميري سفير دولة اليمن بالقاهرة.
تطرق الحديث إلى قضايا الدعوة وهموم الأمة، مع دعاء الإمام الأكبر برفع الفتن عن اليمن لما بلغه ما يجري هناك من أحداث، ثم قدم الحبيب إلى فضيلته عدداً من ملخصات وأبحاث طابة للدراسات الإسلامية بصفته مدير عام المؤسسة موضحاً للإمام الأكبر رؤية طابة ومقاصدها في رفد علماء الأمة وقادة الرأي في العالم الإسلامي بتحليلات وبيانات منهجية تتميز بالموضوعية والعمق والوضوح وتعينهم على اتخاذ القرار عن وعي وبصيرة ومعرفة ودراية، وكذلك بعضاً من محاضرات ودروس الحبيب الخاصة طالباً من فضيلته التوجيه والإرشاد، في جلسة استمرت حوالي الساعة غادر بعدها الحبيب بمعية سعادة السفير مصحوبين بدعاء وتوديع الإمام الأكبر شيخ الجامع الأزهر.
توجه الحبيب علي الجفري وسعادة السفير إلى مقر جامعة الأزهر للقاء الأستاذ الدكتور أحمد الطيب النجار رئيس جامعة الأزهر، إذ تطرق الحديث إلى العلم والمنهج مع إشادة الحبيب بالدور الرائد للأزهر جامعاً وجامعة في رفد الأمة بالعلماء المتميزين على نهج الوسطية والاعتدال. قدم الحبيب إلى الدكتور أحمد الطيب ملخصات وأبحاث مؤسسة طابة للدراسات الإسلامية مصحوبة ببيان أهداف ومقاصد المؤسسة وجوانب إسهامها في إعادة بناء الخطاب الإسلامي المعاصر لدواعي الاستيعاب الإنساني العالمي من خلال الأبحاث والمبادرات والمشروعات، وكذلك عدداً من دروسه ومحاضراته الخاصة .
في مساء الاثنين 15 شوال 1430هـ الموافق 5 أكتوبر/ تشرين 2009 توجه الحبيب علي الجفري إلى المقر البابوي بكاتدرائية الأقباط الأرثوذكس بالعباسية لزيارة قداسة البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، بعدما علم الحبيب – كما صرح بذلك لقناة أغابي المسيحية عقب اللقاء – بعودة البابا من رحلته العلاجية بالخارج فأراد أن يعوده ويطمئن على صحته.
أهدي الحبيب إلى قداسة البابا عدداً من ملخصات وتحليلات مؤسسة طابة للدراسات الإسلامية موضحاً فكرة وأهداف مبادرة كلمة سواء باعتبارها من البرامج الرائدة ضمن فعاليات المؤسسة وتطورات وإنجازات المبادرة بصدد العلاقات مع بابا الفاتيكان ومع أسقف كانتربري الدكتور روان ويليامز رأس الكنيسة الأنجليكانية ، ومع الكنائس الأمريكية وعدد من المؤتمرات الرائدة في جامعات مشهود لها بالريادة والعالمية، داعياً أبناء المسيح في المشرق إلى المشاركة في مد جسور التواصل والتفاهم بين المسيحيين والمسلمين باعتبارهم أبناء منطقة واحدة تواجههم تحديات مشتركة تتطلب تضافر وتنسيق الجهود.
وإلى مركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية وبغية التواصل والتبادل المعرفي، توجه الحبيب علي الجفري برفقه الأستاذ جهاد براون مدير إدارة الأبحاث بمؤسسة طابة والأستاذ نور الدين الحارثي مدير إداره التطوير المؤسسي، حيث كان في استقباله الأستاذ الدكتور جمال عبد الجواد مدير المركز والأستاذ خيري رمضان مساعد رئيس التحرير ومدير تحرير بريد الجمعة بجريدة الأهرام، وجرى النقاش حول تأسيس المركز وأهدافه ووحداته الرئيسة وصولاً إلى جوانب الاهتمام والبحث المشتركة بين المركز وبين إدارة أبحاث طابة.
هذا وقد اتفق الطرفان على حزمة من الخطوات المستقبلية للتعارف والتنسيق بين أعمال المركز وبين أبحاث طابة وعلى تبادل الزيارات التي تستهدف توضيح ومعالجة المواضيع ذات الأهمية المشتركة من قبيل مبادرة كلمة سواء والليبرالية الإسلامية وتحديات المجتمع العربي في السنوات الخمس القادمة.
