توجه الحبيب علي زين العابدين الجفري الى مملكة البحرين صباح يوم الجمعة 30 شوال 1423هـ / 6 يناير 2003م، وذلك تلبيةً لدعوة تلقاها من وزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية بمملكة البحرين، حيث خطب خطبة الجمعة في مسجد الفاتح احمد ونقلت الخطبة عبر قناة البحرين الفضائية.
كما رتبت له محاضرة في نفس الجامع مساء الجمعة حضرها جمع غفير من الناس وفي مقدمتهم معالي نائب رئيس مجلس الوزراء ووزير الشؤون الإسلامية والأوقاف البحريني الشيخ عبدالله بن خالد آل خليفة وعدد من المسؤولين في المملكة.
كما تضمنت زيارته جولة في عدد من المرافق الدينية هناك تقديراً لدورها في خدمة الدين الحنيف.
